У актера насыщенная личная жизнь, он был трижды женат: на Лори Энн Эллисон, Ванессе Паради и Эмбер Херд. Кроме того, у него было несколько романов. У Джонни и Паради есть дети: дочь Лили-Роуз и сын Джон Кристофер.
Анжелика (ориг. Angelica) — одна из главных героинь четвертого фильма, дочь легендарного пирата Чёрной Бороды, возлюбленная капитана Джека Воробья. Получила годы жизни отца благодаря обману Джека.
1 июня 2022 года жюри присяжных признало Эмбер Херд виновной в клевете. Суд присяжных присудил Деппу компенсацию в размере 15 миллионов долларов. Встречный иск Херд был удовлетворён частично в размере 2 млн долларов.
Усиленное внимание прессы и зевак начало приводить к конфликтам в паре, а затем и к взаимному охлаждению. Способствовала этому и ревность Джонни: он изводил Вайнону подозрениями в романах с партнерами по съемкам Гэри Олдманом и Дэниэлом Дей Льюисом — надо сказать, что слухи об этих «изменах» тоже придумывали в газетах.
С 2015 по 2017 год Депп был женат на актрисе Эмбер Херд.